Fundado en el año de 1990, el CISE es una institución dedicada al desarrollo de proyectos de investigación científica, a la formación de recursos humanos altamente calificados, a la divulgación del conocimiento, así como a la tarea de ofertar servicios especializados de capacitación, asesoría y consultoría en el área de Economía Regional. La misión del CISE se enmarca en el contexto del acelerado proceso de integración de la economía mexicana al mercado mundial, proceso que ha generado cambios importantes en la geografía económica de México. Desde sus orígenes, las actividades de investigación y docencia del centro, han tenido como eje de interés el estudio de los impactos de éstas transformaciones en el desarrollo regional sustentable. Ha sido política permanente del CISE realizar sus actividades con elevados estándares de calidad, lo cual ha permitido obtener diversos financiamientos, tanto públicos como privados, par la ejecución de sus proyectos de investigación y docencia. El centro inició sus actividades docentes en agosto de 1996, cuando puso en operación la maestría en Economía Regional. Desde sus inicios, este programa ha contado con el apoyo del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología ( CONACyT ).