El Consejo Universitario es la autoridad máxima de la Universidad, que se integra con tres profesores o investigadores en activo, y tres estudiantes de cada instituto, escuela o facultad, elegidos en sus asambleas respectivas y duran en su cargo dos años. Sus atribuciones, entre otras, son: expedir las normas relativas a la organización y funcionamiento de la Universidad; erigirse en colegio electoral para las elecciones de Rector; elegir al Tesorero General y los Directores de Planeación y de Asuntos Académicos; Administrar el patrimonio Universitario; nombrar a las Comisiones Generales Permanentes de: Planeación, Hacienda, Asuntos Académicos, Reglamentos y, de Honor y Justicia.